Наталья, здравствуйте.
Да, ИП можно закрыть даже при наличии долгов.
Налоговая не отказывает в регистрации прекращения деятельности на основании наличия задолженности (ст. 22.3 закона № 129-ФЗ). Что происходит:
Закрытие ИП не освобождает от долгов, но позволяет прекратить новые начисления (взносы, отчётность и пр.).
Если долги большие и нет возможности погашать — рассмотрите банкротство физического лица.