Добрый день, Павел!
Ключевое: внесудебное банкротство через МФЦ — это банкротство гражданина, а не отдельная “процедура для бизнеса”.
Поэтому последствия для статуса ИП зависят от того, можете ли вы вообще соответствовать условиям МФЦ (в т.ч. отсутствие имущества) и от ограничений, которые закон устанавливает для банкротов в целом.
Одно из главных последствий — запрет на регистрацию в качестве индивидуального предпринимателя в течение пяти лет после завершения внесудебного банкротства. Также нельзя руководить организацией, если гражданин перестал быть ИП менее чем за год до подачи заявления о внесудебном банкротстве, в течение пяти лет.
На практике ИП чаще идут либо в судебное банкротство, либо сначала приводят в порядок статус/долги, потому что при активной деятельности и счетах условия МФЦ соблюсти сложно. Официально условия и порядок МФЦ-процедуры лучше сверять по актуальным правилам.