Здравствуйте, Владислав. Да, индивидуальный предприниматель может прекратить деятельность, даже если у него есть задолженность перед налоговой или внебюджетными фондами.
Закрытие ИП осуществляется через подачу заявления в налоговую по форме Р26001. После внесения записи в ЕГРИП ИП считается прекратившим деятельность. Долги при этом не аннулируются — они остаются за физическим лицом и взыскиваются уже как с гражданина. Подробнее об читайте какая ответственность по обязательствам сохраняется у ИП.
Кроме того, налоговая может передать дело приставам, и начнётся исполнительное производство.